Từ ngày 12 đến ngày 24 tháng 12 năm 2004, cảnh sát tỉnh Gia Lai bắt giữ 129 người Thượng.[127] Ngày 14 tháng 4 năm 2008, hàng trăm người Thượng tại Chư Sê thuộc Gia Lai tham gia biểu tình, mục sư Nguyễn Công Chính thuộc Hội thánh Tin lành Menonite ở Gia Lai nói "ngày hôm qua tại xã Iatô thuộc huyện Chư Sê có nhiều nguời dân tộc biểu tình: thứ nhất đòi đất đai, hai là đòi trả hơn 300 nguời sắc tộc đang bị ở tù từ năm 2001 đến năm 2004, thứ ba là quyền thờ tự của họ. Còn bức xúc về đất đai, việc anh em của họ bị bỏ tù, cũng như quyền thờ tự là việc cá nhân của họ. Tình hình an ninh tại Cao Nguyên hiện nay rất căng thẳng, họ canh gác rất cẩn thận", trong khi một cảnh sát huyện Chư Sê nói "vì vừa qua có một số nguời ở Hoa Kỳ gọi điện về chỉ đạo một số nguời đi kích động biểu tình. Nó kích động đồng bào đấu tranh thành lập nước Đêga độc lập, đất Tây nguyên là đất của người dân tộc. Người ta trình độ thấp nên nghe theo".[128] Báo Phú Yên cho biết có biểu tình tại xã Ea Lâm thuộc Phú Yên vào ngày 31 tháng 8 năm 2006 và ngày 13 tháng 4 năm 2008, cáo buộc Tin Lành Đê ga và FULRO lôi kéo người dân tộc thiểu số chống chính quyền, công an Phú Yên bắt giữ 11 người và tống đạt hình sự 2 người tính đến tháng 8 năm 2009.[129]

Khoảng 8 giờ đêm vào ngày 7 tháng 7 năm 2011, Tổ chức Quỹ người Thượng cho biết công an đã dùng gậy đánh đập và giải tán người dân đang cầu kinh theo đạo Tin Lành tại làng Kret Krot thuộc xã Hra (tỉnh Gia Lai), các nhân chứng cho biết 12 đàn ông và 4 phụ nữ bị hành hung–có người bị bắt giam, Chủ tịch Tổ chức Quỹ người Thượng Kok Ksor nói "chúng tôi bị nhà nước Việt Nam xem là thù nghịch, bị trù dập vì cho rằng chúng tôi đeo đuổi mưu toan lật đổ chánh quyền. Điều cáo buộc đó là hoàn tòan không có cơ sở, chính vì thế mà người Thượng chúng tôi cương quyết đứng lên đòi hỏi quyền sống cho mình.[...] Vùng Tây Nguyên hiện giờ có từ 300 đến 1000 đồng bào Thượng còn bị ngồi tù, con số chính xác khó ai nắm biết rõ, nhiều người chết trong hỏa ngục, một số khác được thả về thì cũng không sống được bao lâu do bị tra khảo trong tù mà không biết mình bị tội tình gì", giám đốc Tổ chức Quỹ người Thượng Nay Rong nói "chính quyền liên bang Hoa Kỳ cũng biết Việt Nam vi phạm nhân quyền, vi phạm tự do tôn giáo nhưng Hoa Kỳ cần Việt Nam về an ninh tại biển Đông".[130] Ngày 10 tháng 5 năm 2012, ba người Thượng bị bắt vì 'âm mưu lật đổ chính quyền', luật sư nhân quyền Scott Johnson cho rằng "làm sao một nhóm người dân tộc thiểu số với gươm và cung nỏ có thể lật đổ được chính phủ Việt Nam.[...] Đây chỉ là một kiểu dàn dựng của chính phủ".[67] Ngày 28 tháng 3 năm 2013, tám người Thượng tại Tây Nguyên bị tuyên án 7–11 năm tù vì 'cấu kết với phản động nước ngoài thành lập một nhà nước riêng của người thiểu số'.[131] Khoảng hơn 12.000 người Thượng định cư tại Notrh Carolina tính đến năm 2013, chuyên viên cố vấn về vấn đề thổ dân Key Rebold nói "đa số trình độ học vấn không cao, đi làm với đồng lương ít ỏi, nhưng chính những sinh hoạt đức tin và tôn giáo mang họ về với thực tế của cuộc sống mới", linh mục Trần Công Vang [tại Notrh Carolina] cho biết "người Thượng sống rải rác lẫn lộn với người Mỹ–người Tây Ban Nha–người Việt, còn chăng điểm tựa là đời sống tâm linh, nhà thờ là nơi chốn để về, để chia sẻ, để nâng đỡ nhau".[132] Tháng 8 năm 2014, Ủy ban Tự do tôn giáo Quốc tế Hoa Kỳ (USCIRF) cho biết tám người Thượng tại Tây Nguyên thuộc phong trào Công giáo độc lập bị kết án từ 3 năm đến 11 năm tù vì '“gây mất đoàn kết' và 'kích động lòng hận thù sắc tộc và tôn giáo' do biểu tình phản đối di dời ở tỉnh Gia Lai, giám mục tại Kon Tum liên tục bị từ chối đi đến nơi mà những người này cư ngụ.[133] Ngày 1 tháng 12 năm 2014, chính phủ Việt Nam yêu cầu Campuchia bắt giữ và trục xuất 16 người Thượng vượt biên vào Ratanakkiri.[103] Ngày 11 tháng 2 năm 2015, chín người Thượng tại Tây Nguyên vượt biên sang Ratanakiri thuộc Campuchia tị nạn và được báo cáo lên Liên Hiệp Quốc, Bộ trưởng Bộ Nội vụ Campuchia Sar Kheng tuyên bố "sẽ xem xét tất cả các kiến ​​nghị xin tị nạn đối với từng trường hợp, nhưng sẽ gửi người tị nạn sang nước thứ ba và trục xuất người xin tị nạn hồi hương nếu không có tình trạng tị nạn".[134] Ngày 20 tháng 2 năm 2016, công an Gia Lai bắt giữ 4 người với tội danh "phá hoại chính sách đoàn kết dân tộc".[135]

Tháng 4 năm 2017, khoảng 50 người Thượng trốn khỏi Campuchia tới Thái Lan do lo ngại hồi hương về Việt Nam, nâng tổng số người Thượng tại Thái Lan lên 250 người. Y Yony—một người Ê Đê—nói "tôi đã hứa với chính quyền rằng sẽ không trốn khỏi Việt Nam và sẽ xin phép họ bất cứ khi nào tôi muốn đi bất cứ đâu. Đó là lý do tại sao tôi không muốn quay trở lại", Y D'jom —một người Ê Đê khác—nói "tôi không thể trở về Việt Nam vì cảnh sát sẽ bắt tôi ở đó và tra tấn tôi trong tù", Xiu A Nem—một người Gia Rai—nói "tôi đã bị áp bức ở Việt Nam vì tôi là một người phản kháng, họ không tôn trọng tự do tôn giáo. Tôi đã bị tống giam hai năm nhưng tôi đã trốn sang Thái Lan và được Canada chấp nhận tị nạn nhờ sự giúp đỡ từ [các nhóm nhân quyền]".[136] Ngày 31 tháng 8 năm 2018, các nhà hoạt động nhân quyền kêu gọi thả người Thượng—khoảng 38 người đến từ Campuchia và ước tính khoảng 130 người từ Việt Nam—bị bắt tại huyện Bang Yai thuộc tỉnh Nonthaburi, những người này được cho là người tị nạn hoặc xin tị nạn và sẽ gặp nguy hiểm nếu bị trục xuất hồi hương. Người phát ngôn Bộ Ngoại giao Thái Lan Busadee Santipitaks cho biết đang xem xét sự việc. Tổ chức Theo dõi Nhân quyền tuyên bố "chính phủ Thái Lan cần trả tự do ngay lập tức cho 181 người tị nạn dân tộc thiểu số và người xin tị nạn, hầu hết có tình trạng tị nạn của Liên Hiệp Quốc.[137] Ngày 14 tháng 10 năm 2019, phó Bí thư Đảng ủy xã Ia Le (huyện Chư Pưh, tỉnh Gia Lai) Siu H’BHem xác nhận "từ năm 2001 đến nay, có 96 người dân địa phương đã vượt biên trái phép qua Campuchia và Thái Lan để được 'đưa đi Hoa Kỳ'".[43] Ngày 17 tháng 6 năm 2020, phái đoàn ngoại giao Hoa Kỳ gặp mặt các tín hữu Tin Lành độc lập khu vực Tây Nguyên (Gia Lai và Đăk Lăk) và bị an ninh Việt Nam theo dõi nhật trình. Y Quy Buon Dap—một thành viên thuộc nhóm Người Thượng vì Công lý (Montagnards stand for Justice)—bộc bạch "vẫn còn chịu sự sách nhiễu, đe dọa, đàn áp, bắt bớ từ nhà cầm quyền. Họ canh gác, theo dõi thường xuyên. Nhiều tín đồ và lãnh đạo hội thánh bị áp giải lên đồn công an thẩm vấn.[...] Họ nói chúng tôi lợi dụng tôn giáo để chống phá Đảng và Nhà nước. Họ gán ghép như vậy để xóa bỏ tôn giáo của người Thượng Đêga của chúng tôi", Y Phic cho biết "nhiều mục sư và tín đồ khác hiện tại luôn bị đe doạ, ép bỏ đạo, để theo tôn giáo mà họ trọn quyền kiểm soát, họ tuyệt đối không cho những tín đồ họp lại với nhau, họ kiếm những lý do để mời các tín đồ lên đồn công an hay làm việc một cách vô cớ, họ cho rằng tôn giáo mà các tín đồ đang theo là 'của Hoa Kỳ âm mưu lật đổ chính quyền', nhưng đó chỉ là cái cớ để chính quyền gán mác đàn áp".[138]